[001004] WebMoneyの残高を調べることはできますか?

可能です。
パソコンやスマートフォンなどから残高照会画面にアクセスしてWebMoneyプリペイド番号を入力することで残高をご確認いただけます。
残高照会はこちら

WebMoneyプリペイドカードおよびWebMoneyプリペイドカードLiteは、WebMoneyウォレットアプリ(スマートフォン用のアプリケーション)上でも残高をご確認頂けます。